Mac OS Xで手っ取り早くBiopythonをインストールして使えるようにする

新しい環境でBiopythonをセットアップしたので，そのときのメモ．Pythonのバージョン/パッケージ管理はvirtualenvやらvirtualenvwrapperやらpipやらsetuptoolsやらで発狂する可能性が高いので，手っ取り早く使いたい人は以下のおまじないだけ実行して使えるようにしておくと良さそう．sudoする必要もないし知らないディレクトリを汚すこともないので，非常に簡単にインストールできる．以下のリンク先にしたがって，ポチポチと5行程度のコマンドを実行すれば完了．

ディレクトリ作成も含めて，ちょっと改変したものが以下の7行．

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$ mkdir biopython
$ cd biopython
$ wget --no-check-certificate https://raw.github.com/pypa/virtualenv/master/virtualenv.py
$ python virtualenv.py .
$ source bin/activate
$ pip install numpy
$ pip install Biopython

環境によってはnumpyやBiopythonのインストールがコケるかもしれないので，インストールの最後に「Successfully installed numpy/Biopython」が表示されることを確認したほうが良いだろう．

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$ pip install numpy
Downloading/unpacking numpy
  Downloading numpy-1.7.1.zip (3.1MB): 3.1MB downloaded
  Running setup.py egg_info for package numpy
    Running from numpy source directory.

~~~(略)~~~

Successfully installed numpy
Cleaning up...
$

最後に，きちんとBiopythonが使えるようになっているか確認する．

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$ python
Python 2.7.2 (default, Oct 11 2012, 20:14:37)
[GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-418.0.60)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> Seq("ATGC").complement()
Seq('TACG', Alphabet())
>>>

なお，一度シェルを閉じるとPythonまわりの読み込みは消えてしまうので，その時は再度インストールしたディレクトリでsource bin/activateを実行する必要がある．

実行環境

  • Mac OS X 10.8.3
  • Python 2.7.2

追記：pipがデフォルトで入っていない場合

もしpipが入っていない場合は，以下のようにvirtualenvで作った環境でpipを入れる必要がある（もしくはsudo easy_installでpipを入れる）．

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# source bin/activateした後に
$ wget --no-check-certificate https://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.49.tar.gz
$ tar zxvf distribute-0.6.49.tar.gz
$ cd distribute-0.6.49
$ python setup.py install
$ /path/to/biopython/bin/easy_install pip

追記2：wgetで落としたvirtualenvでCannot find sdist setuptools-*.tar.gzなどがでる場合

wgetで落としてきたvirtualenvでこういうエラーがでる時がある．

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Cannot find sdist setuptools-*.tar.gz
Cannot find sdist pip-*.tar.gz

sudoでvirtualenvを入れて，普通にvirtualenvを使うと上手くいくかもしれない．どういう環境でこうなるのかは不明だが，ちょっとこの辺りは怪しい．

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$ sudo easy_install virtualenv
$ virtualenv biopython
$ cd biopyton
$ source bin/activate
$ pip install numpy
$ pip install Biopython

参考