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Homebrew/homebrew-science

Homebrewにはtapというコマンドがあって，例えばHomebrew/dupesのようにMacOSXに標準で入っているソフトウェア/パッケージを個別に入れられたりと，公式以外のフォーミュラからbrewコマンドで入れられるシステムがある．

Homebrew/science

その中でHomebrew/scienceという科学系のリポジトリがあり，バイオインフォマティクスに関するソフトウェアも多数登録されている．例えば，

blast
blat
hmmer
clustal-w

のような基本的なソフトウェアから，

bowtie2
cufflinks
bwa
fastqc
igv
samtools
bedtools
…

のようなNGSまわりの解析ツールもひと通りHomebrewから入れることができる．ここに挙げている以外にも多数のバイオインフォマティクス関連のソフトウェアが登録されているので，詳しくはhomebrew-scienceのGitHubページを参考．

ひとつ注意点としては，Homebrew/sicenceで入れたソフトウェアが常に最新のものかどうかは保証されない．Homebrew/scienceの中にあるフォーミュラで記述されているものがインストールされるので，フォーミュラの管理状態によっては最新ではないバージョンを指している可能性がある．もし最新バージョンを入れたい/バージョンに気をつけるといった場合には，公式ページで配布されているソフトウェアのバージョンを確認したほうが良いだろう．

使い方

Homebrewをセットアップした上で，以下のコマンドでtapを追加することができる．

$ brew tap homebrew/science

あとは好きなソフトウェアをbrew installすれば良い．

恒例のアレ

このxkcdのマンガには，Homebrew/scienceのページに載っているコマ以外にちゃんとした前振りがある．詳しくはhttp://xkcd.com/585/にて．

参考

brew tap · Homebrew/homebrew Wiki

Gollumで記事を編集していると，Ctrl-bで「****」というmarkdownのbold記法が挿入されるキーボードショートカットがあって邪魔だったので，無効にした．

方法

Gollumのgollum.editor.jsの中の該当部分をコメントアウトする．

https://github.com/gollum/gollum/blob/master/lib/gollum/public/gollum/javascript/editor/gollum.editor.js#L215

      Mousetrap.bind(['command+3', 'ctrl+3'], function( e ){ hotkey( e, 'function-h3' ); });
//           Mousetrap.bind(['command+b', 'ctrl+b'], function( e ){ hotkey( e, 'function-bold' ); });
      Mousetrap.bind(['command+i', 'ctrl+i'], function( e ){ hotkey( e, 'function-italic' ); });

gollum.editor.jsは，rbenvで入れた自分の環境の場合$HOME/.rbenv/versions/1.9.3-p547/lib/ruby/gems/1.9.1/gems/gollum-3.0.0/lib/gollum/public/gollum/javascript/editorに入っている．

某所で発表を予定していたんだけど，台風のせいで飛びそうなので先に公開しておきます．読んだのはWWW2014のMatchingセクションに採択されたKickstarterに関する論文．

補足

まずFrequent InvestorsとOccasional Investorsの和訳について
- スライド中では「常連投資家」と「気まぐれ投資家」と訳したが，あまり適切な訳語が思い浮かばなかった
- 無理に訳す必要もないんだけど，FIとOIとかにしてもぱっと見意味不明だし，スライドの都合上日本語にした
KickstarterにはAPIがないから自力でクロールしたらしい
- Twitterのアカウントとの紐付けなども考えると，かなり大変そう
既存研究あんまり書かなかったんだけど，投資分野の予測なのでいろいろある
- Kickstarterにおいて特定のフレーズプロジェクトの成功予測に役立つとか(http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2531602.2531656)
- Kickstarter以外にもCrowdfundingはいろいろあるので，その辺のレポートも引用されてる
LDAのトピック数は書かれていないんだけど，これはKickstarterのカテゴリー数=13でいいんだろうか
- なお，今ではCraftとJournalismというカテゴリが加わって15になっている
マッチングの手法について
- このあたり専門じゃないからあんまり分からないけど，手法的には普通な印象
- RBFカーネルのSVMが最良だったのも納得
  - 参考：SVM実践ガイド (A Practical Guide to Support Vector Classification) - 睡眠不足？！

感想

マッチングについて
- サービス提供側(ここではKickstarter)からすると，例えばこのようなマッチングを作ると考えた時にTwitterのような外部サービスを利用するとなると，ちょっと大変そう
  - 外部サイト連携とかを付けないと，そもそも取ってこれないし正式に使えない(?)
  - 一番使いやすいのはKickstarterで表示したプロジェクトのウェブページの履歴とかかな
  - いずれにせよ投資者の趣向をどう観測するかという感じ
- そもそもKickstarterの投資に参加している人のなかでマッチングが上手くいったとして，投資数が増えるのだろうか？
  - プロジェクトの成功率/投資額をあげようと思った時に，推薦に限界がある場合には，いかに他所から興味ある人を引っ張ってくるかになる
  - ソーシャルのちからに頼れなくなると，結局広告打ったりメディアに紹介してもらったりという従来の方法に頼らざるをえないかも
ウェブサービスに関わる人間にとって大事なこと
- アカウント新規登録時の登録項目大事
  - ユーザが情報を入力してくれるタイミングなんてそうそう無い
  - たとえば本論文だとファウンダーのlocationがないとGeographic Dispersionが取れないわけだし
  - どのような情報が自サービスのレコメンドなどに効いてくるかをしっかり考えておいて布石を打つ必要がある
- 外部サービス連携大事
  - TwitterとかFacebookとかの情報を一部取れるだけでも嬉しい
    - 書き込みなどが取れれば万々歳，友達数とかだけでもFrequent/Occasionalは判別できそう
  - 外部サービスにポストするという機能以外にもユーザの特徴をつかむ意味で大事かと

参考

本書は「サービスできないドイツ人、主張できない日本人」を文庫化したものだ．ドイツ人の夫を持ち，ドイツで30年近く住んでいる日本生まれの著者のエッセイだが，旧題にあるようなサービスと主張というトピックはほんの一部で，他にも幅広い文化比較がなされている．異なる国の文化に挟まれて初めて互いの文化の良いところや悪いところが見えてくるように，読者からすると，知らないドイツを知るとともに自分たちの文化を振り返ることになる．

個人的には，ドイツの教育システムが一番気になった．以前読んだ「外国語で発想するための日本語レッスン」ではヨーロッパの教育の良い部分についてフォーカスしていただけに，本書で語られる負の部分，ドイツの義務教育のねじれのようなものが一層際立ってみえた．ランク分けされたギムナジウムや挽回のチャンスが限られた進学システム，マイスターに求められる質の変化など，一見して不合理だとわかっていながらも文化的な背景で縛られて身動きが取れなくなっているように感じる．こういった制度を是正する動きを既得権益を持ったエリートが妨害するといった，古くからある階級社会が見え隠れするところも興味深い．そして，そこから日本の教育に目を向けた時にどう感じるかも考えなくてはいけない．当然ながら日本の教育はドイツとは違うし，それらが成立する背景も違う．例えば，ドイツの教師は徹底的にビジネスライクなのに対して，日本の教師はまったく真逆で，人によっては人生の師ともなるほどに親密な関係を築く．そういう前提があるときに，日本の教育のいいところはどこか，一方でドイツの教育のいいところはどこか，教育を良くしていくにはどこを真似れば良いのかなど，考えなくてはいけないことは山ほどある．結局どっちが良いという問題ではないだけに，なかなか難しいところではある．

最近メモがあちこちに散乱していて，Kobitoに殴り書きしたり，nvALTに適当に書いたり，Evernoteにノート作ったりと，色々と良くない感じだったので，ある程度しっかりと書くメモはGollumで書くようにした．

GollumはGitHub-likeなwikiエンジンだ．とにかくmarkdownで書けてgit連携，DBを立てる必要も無く，ソースコードがシンタックスハイライト付きで貼れるというのが嬉しい．

Gollumセットアップ

gollum/gollum

Gollumのインストール

$ gem install gollum

Gollumセットアップ

$ mkdir wiki; cd wiki
$ git init
$ gollum

これでhttp://localhost:4567/にアクセスするとwikiが立ち上がっている．もしgit initしていないとエラーになるので注意．

スクリーンショット

というわけで，適当にmarkdownで書いて保存すると以下のように立ち上がる．

所感

まだ使い始めて1週間も経っていないけれども，かなり使い勝手は良いと思う．簡素な作りながらも，ディレクトリ構成やgitの方を意識しないで済むのは楽だ．一方で物足りない部分は確かにあって，ファイルやディレクトリ名を入力するときの補完とかをしてくれればいいのにとは思うけれども，まあその辺はそれほど苦にならないし運用でカバーできる．そういう部分も含めて，他のWikiエンジンやWordpress，Sphinxを使うよりかは，はるかに自分に合っていると思う．