Homebrewにはtapというコマンドがあって,例えばHomebrew/dupesのようにMacOSXに標準で入っているソフトウェア/パッケージを個別に入れられたりと,公式以外のフォーミュラからbrewコマンドで入れられるシステムがある.
Homebrew/science
その中でHomebrew/scienceという科学系のリポジトリがあり,バイオインフォマティクスに関するソフトウェアも多数登録されている.例えば,
- blast
- blat
- hmmer
- clustal-w
のような基本的なソフトウェアから,
- bowtie2
- cufflinks
- bwa
- fastqc
- igv
- samtools
- bedtools
- …
のようなNGSまわりの解析ツールもひと通りHomebrewから入れることができる.ここに挙げている以外にも多数のバイオインフォマティクス関連のソフトウェアが登録されているので,詳しくはhomebrew-scienceのGitHubページを参考.
ひとつ注意点としては,Homebrew/sicenceで入れたソフトウェアが常に最新のものかどうかは保証されない.Homebrew/scienceの中にあるフォーミュラで記述されているものがインストールされるので,フォーミュラの管理状態によっては最新ではないバージョンを指している可能性がある.もし最新バージョンを入れたい/バージョンに気をつけるといった場合には,公式ページで配布されているソフトウェアのバージョンを確認したほうが良いだろう.
使い方
Homebrewをセットアップした上で,以下のコマンドでtapを追加することができる.
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あとは好きなソフトウェアをbrew installすれば良い.
恒例のアレ
このxkcdのマンガには,Homebrew/scienceのページに載っているコマ以外にちゃんとした前振りがある.詳しくはhttp://xkcd.com/585/にて.