Blog Archive 2015 近況 Mar 31 2015 「オートメーション・バカ -先端技術がわたしたちにしていること-」読了 Feb 09 2015 「イスラーム国の衝撃」読了 Feb 07 2015 2014 「わかる！会社法」読了 Dec 17 2014 「「ニセ医学」に騙されないために」読了 Dec 08 2014 「国際メディア情報戦」読了 Dec 07 2014 「ドキュメント 戦争広告代理店〜情報操作とボスニア紛争」読了 Dec 06 2014 「黒幕: 巨大企業とマスコミがすがった「裏社会の案内人」」読了 Dec 05 2014 「世界を変えた確率と統計のからくり134話」読了 Nov 15 2014 L1 regularizationのLassoはなんと発音するのか？ Nov 06 2014 「Think Simple―アップルを生みだす熱狂的哲学」読了 Oct 25 2014 「How Google Works ―私たちの働き方とマネジメント」読了 Oct 24 2014 私は如何にしてKaggleで9位から600位台まで順位を落とし，private leaderboardでベンチマークすら下回ったか？ Oct 23 2014 Kaggle初心者がDisplay Advertising Challengeに挑んだ結果354th/718だった Sep 26 2014 「暴露:スノーデンが私に託したファイル」読了 Sep 23 2014 スライドメモ:KDD2014 Tutorial “The Recommender Problem Revisited” Sep 08 2014 私的Vowpal Wabbitまとめ Aug 31 2014 kimonoでKaggleユーザのクロールをしてみた Aug 18 2014 「バッドデータハンドブック ―データにまつわる問題への19の処方箋」読了 Aug 16 2014 iPython Notebookの–pylab inlineは使うのをやめようという話 Aug 15 2014 Homebrew/scienceでバイオインフォマティクスのソフトウェアを入れる Jul 23 2014 GollumでCtrl-bのキーボードショートカットを無効にする Jul 18 2014 論文紹介:Recommending Investors for Crowdfunding Projects Jul 09 2014 「ドイツ流、日本流: 30年暮らして見えてきたもの」読了 Jun 28 2014 Gollum入門した Jun 27 2014 「住まいの解剖図鑑」読了 Jun 19 2014 「減らす技術」読了 Jun 15 2014 「All You Need Is Kill」読了 Jun 14 2014 「申し訳ない、御社をつぶしたのは私です。」読了 Jun 08 2014 「「レジリエンス」の鍛え方」読了 May 29 2014 「数学は世界をこう見る 数と空間への現代的なアプローチ」読了 May 28 2014 京都・貴船に行ってきた May 26 2014 「盤上の夜」読了 May 25 2014 「Webを支える技術」「WEB+DB PRESS Vol.80」読了 May 14 2014 「機龍警察」読了 May 13 2014 「know」読了 May 12 2014 「ワンランク上をめざすビジネスパーソンの独習ガイド」読了 May 10 2014 スヌーピー，ウォーホル，グルスキー，そして映画をめぐる美術 May 03 2014 「STOP論文捏造―なぜ起こるのか」読了 Apr 26 2014 「アドテクノロジー プロフェッショナル養成読本」読了 Apr 24 2014 「アメリカのめっちゃスゴい女性たち」読了 Apr 11 2014 後傾姿勢になれるIKEAのアームチェアPOÄNGがライフチェンジングだった話 Apr 04 2014 超！A＆G＋の自動録画環境を作った Apr 01 2014 クックパッドのウィンターインターンシップに参加してきた Mar 30 2014 「アナと雪の女王」の”Let it go”の演出だけでわかる物語の背景 Mar 11 2014 「マインクラフト 革命的ゲームの真実」読了 Mar 09 2014 「細胞の物理生物学」読書ノート：第4章前半 Feb 26 2014 Being Geek ―ギークであり続けるためのキャリア戦略」読了 Feb 21 2014 Withingsのpulseを購入した Feb 20 2014 「マーク・ピーターセンの英語のツボ」読了 Feb 16 2014 「強いチームはオフィスを捨てる」読了 Feb 13 2014 「クリエイティブの授業 STEAL LIKE AN ARTIST」読了 Feb 12 2014 「人に強くなる極意」読了 Feb 11 2014 「細胞の物理生物学」読書ノート：第3章 Jan 17 2014 「数学ガールの誕生 理想の数学対話を求めて」読了 Jan 16 2014 「人間はいろいろな問題についてどう考えていけば良いのか」読了 Jan 12 2014 2013 MLAC2013 数式を使わずイメージで理解するEMアルゴリズム Dec 15 2013 「山賊ダイアリー」1〜4巻 読了 Dec 12 2013 MacPortsでPyMOLをインストールする Dec 11 2013 「細胞の物理生物学」読書ノート：第2章その2 Dec 10 2013 「細胞の物理生物学」読書ノート：第2章その1 Dec 06 2013 「細胞の物理生物学」読書ノート：第1章 Dec 05 2013 「細胞の物理生物学」読書ノート：序文 Dec 04 2013 ライフサイエンス分野のためのプレプリント・サーバ bioRxiv Dec 02 2013 Pythonで遺伝的アルゴリズムを動かすPyevolveを試してみた Dec 01 2013 「細胞の物理生物学」読書ノート：アーカイブ Nov 30 2013 Mac OS X Mavericks環境構築記録 Nov 15 2013 メモ：脳神経科学の基礎の基礎 Oct 31 2013 matplotlibで混合ガウス分布の確率密度関数をプロットする Oct 20 2013 「RとRubyによるデータ解析入門」読了 Oct 19 2013 Numpyを使って混合ガウス分布のEMアルゴリズムを実装 Oct 18 2013 「バイオ研究者が生き抜くための十二の智慧」読了 Oct 13 2013 メタボロミクスの包括的なレビュー「The Proceedings of Metabolomics」 Oct 05 2013 Courseraでバイオインフォマティクスのオンライン授業がスタート Oct 03 2013 米国予算案の不成立による生命科学系政府機関への影響まとめ Oct 02 2013 Solveというスタートアップが開発するバイオインフォマティクスのデータベースのためのPython API Sep 30 2013 国内のライフサイエンス分野で役に立っているプロダクトをみんなで投票して表彰する「オープン・サイエンス・アワード」開催中！ Sep 21 2013 「PRMLガール―文芸部のマネージャーが「パターン認識と機械学習」を読んだら」読了 Sep 17 2013 「宇宙はなぜこのような宇宙なのか――人間原理と宇宙論」読了 Sep 14 2013 学会ポスターを作る/発表する際の覚書 Sep 09 2013 BOSE QuietComfort20i購入&使用雑感 Sep 08 2013 告知：NGS現場の回第3回研究会でポスター発表します(3-59-B) Sep 02 2013 「葬式は、要らない」読了 Aug 05 2013 「日本人の知らないワンランク上のビジネス英語術 エール大学厳選３０講」読了 Aug 04 2013 “de Bruijn”はどう発音する？ Aug 01 2013 Life Technologiesによる研究者応援ソング （Ph.Diddyシリーズ） Jul 26 2013 「研究留学術 第2版―研究者のためのアメリカ留学ガイド」読了 Jul 24 2013 RNA-Seqの数理―生成モデルによる発現量推定（3）ペアエンドリードとフラグメント長の分布関数 Jul 22 2013 RNA-Seqの数理―生成モデルによる発現量推定（2）Count Based ModelとRPKM Jul 16 2013 RNA-Seqの数理―生成モデルによる発現量推定（1）RNA-Seqの発現量推定とRPKM Jul 15 2013 RNA-Seqの数理―生成モデルによる発現量推定：アーカイブ Jul 14 2013 ディレクトリの書き込み権限が無いとファイルの消去ができない Jul 13 2013 Tophat/Cufflinksなどの開発者であるCole TrapnellによるRNA-Seqの遺伝子発現解析に関する講義動画 Jul 12 2013 TimeTreeで生物種間の分岐年代を調べる Jul 10 2013 ゲノムアセンブリにおいて最適なk-merを推定するKmerGenieを試してみた Jul 07 2013 だれかicanhazpdfできる？？？ Jul 06 2013 Zenithのホッチキスを買った Jul 03 2013 “Zero Dark Thirty”のBlu-rayを買った Jul 02 2013 「世界基準で夢をかなえる私の勉強法」読了 Jul 01 2013 “RNA-Seq unleashed”によるTrinityのワークフローの解説 Jun 26 2013 Biopythonで塩基配列をアミノ酸配列にする Jun 25 2013 2013 Web Server issue Jun 24 2013 Tophatにおいて使用するスレッド数を上げすぎるとファイルディスクリプタの上限でエラーになる Jun 23 2013 SRA Toolkitを使ってsraファイルからfastqファイルに変換する(更新版) Jun 20 2013 MacPortsで使用していない過去のバージョンのパッケージを消す＆ちょっと可視化 Jun 19 2013 スライドメモ：”Differential expression analysis of de novo assembled transcriptomes - Nadia Davidson” Jun 18 2013 「知の逆転」読了 Jun 02 2013 段落の冒頭に強い接続語を使ってはいけない…? Jun 01 2013 “The Elements of Statistical Learning”のpdfの余白を削る May 22 2013 treeを使ってディレクトリ構造をターミナル上で可視化する May 21 2013 zaw.zshを使って移動したことのあるディレクトリに一発で飛ぶ May 20 2013 cpanmのセッティング May 16 2013 アセンブルの指標であるN50とNG50の違い May 15 2013 Trinityのインストールとサンプルデータのアセンブル May 14 2013 「村上式シンプル英語勉強法」読了 May 12 2013 “The Art of How to Train Your Dragon”読了 May 09 2013 Linuxのルートディレクトリ構成まとめ May 06 2013 「ヒックとドラゴン」における耳を使った感情表現 May 05 2013 「チェスの話――ツヴァイク短篇選」読了 May 04 2013 「死体入門」読了 May 03 2013 「コード・ブルー―外科研修医救急コール」読了 May 01 2013 思わずReblogしたくなるような博物画が見られるiPhone/iPadアプリ「MAU M&L 博物図譜」 Apr 29 2013 PDF形式で2777ページにわたってFASTA配列が貼られ続けている論文のsupplementary Apr 25 2013 RVM環境でのOctopressの更新 Apr 21 2013 Mac OS Xで手っ取り早くBiopythonをインストールして使えるようにする Apr 20 2013 「数学文章作法 基礎編」読了 Apr 14 2013 近況 Mar 12 2013 昔Classic Macで遊んだゲームを記憶を頼りに探した Jan 18 2013 「すべての買い物に逸話をつけよう」― 個性を身に付けるための単純な習慣 Jan 13 2013 2013年にやりたいこと(Hatena Blog記事版) Jan 11 2013 「映画時評2009-2011」読了 Jan 09 2013 チャールズ&レイ・イームズが手がけたデザインの展覧会「essential EAMES」に行ってきた Jan 07 2013 「20歳の自分に受けさせたい文章講義」読了 Jan 06 2013 「COURRiER Japon2013年 02月号」読了＆ジェフ・ベゾスのnarrativeと文章を書く能力について Jan 05 2013 2012年の締めくくりとして日頃お世話になった方に本を贈った Jan 01 2013 2012 2012年の読書を振り返って Dec 29 2012 SOAPdenovo2がGPLv3を宣言しているにも関わらずソースコードを公開していない件について Dec 28 2012 2012年に遊んだゲームのレビューまとめ Dec 23 2012 「藝人春秋」読了 Dec 22 2012 アン・ラモットの文章の書き方について Dec 21 2012 「採用基準」読了 Dec 13 2012 今年の読了・その他 Dec 12 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：6章 メトロポリス・ヘイスティング・アルゴリズムを用いたモデル選択 Dec 11 2012 「アナタはなぜチェックリストを使わないのか？」読了 Dec 10 2012 「服従の心理」読了 Dec 09 2012 「スパコンとは何か」読了 Dec 08 2012 「リーダーを目指す人の心得」読了 Dec 07 2012 「ニンジャスレイヤー ネオサイタマ炎上1」読了 Dec 06 2012 「データ解析のための統計モデリング入門」読書ノート 10章 階層ベイズモデルの生成過程とグラフィカルモデル Dec 05 2012 「系統樹曼荼羅―チェイン・ツリー・ネットワーク」読了 Dec 04 2012 新しいことを始めるよりも日々の生活の手段を少し変える方が自分には向いている Dec 03 2012 Machine Learning Advent Calendar 2012でギブスサンプリングの記事を書きました Dec 02 2012 「パターン認識と機械学習」1章 多項式曲線フィッティングをRで書いてみた Dec 01 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：6章 メトロポリス・ヘイスティング・アルゴリズム その3 Nov 30 2012 「Rによる医療統計学」はRの使い方と統計解析の基礎が学べる良書（ただし入手困難） Nov 29 2012 「やっかいな放射線と向き合って暮らしていくための基礎知識 」読了 Nov 28 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：6章 ランダム・ウォーク・メトロポリス・ヘイスティング・アルゴリズム Nov 27 2012 Mac OS XでJAGS＆rjagsパッケージを動かす Nov 26 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：6章 メトロポリス・ヘイスティング・アルゴリズム その2 Nov 25 2012 「N次元の単位球の体積は5次元で最大になる」をRで試してみた Nov 24 2012 「Software Design 2012年 12月号」読了 Nov 23 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：6章 マルコフ連鎖とランダム・ウォーク Nov 22 2012 「僕がアップルで学んだこと 環境を整えれば人が変わる、組織が変わる」読了 Nov 21 2012 「データ解析のための統計モデリング入門」読書ノート 8章 MCMCとメトロポリス法 Nov 20 2012 「マルコフ連鎖モンテカルロ法」1章のメトロポリス・ヘイスティング・アルゴリズムによるガンベル分布の乱数生成 Nov 19 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：6章 メトロポリス・ヘイスティング・アルゴリズム その1 Nov 18 2012 Sublime Text 2でRVM環境のOctopressを操作する Nov 17 2012 Sublime Text 2のSublimeREPLパッケージでClojureを動かす Nov 16 2012 「WIRED VOL.5」読了 Nov 15 2012 「日経ビジネス Associe (アソシエ) 2012年 12月号」読了 Nov 14 2012 「佐藤可士和の超整理術」読了 Nov 13 2012 「チーズはどこへ消えた?」読了 Nov 12 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：5章 モンテカルロ最適化 確率的勾配法 Nov 11 2012 「山中伸弥先生に、人生とiPS細胞について聞いてみた」読了 Nov 10 2012 「データ解析のための統計モデリング入門」読書ノート 7章 無限混合分布の生成過程をアニメーションにした Nov 09 2012 Jekyll/Octopressのフッターにクリエイティブ・コモンズ・ライセンスを書き加える Nov 08 2012 「TN君の伝記」読了 Nov 07 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：5章 モンテカルロ最適化 確率的探索 その2 Nov 06 2012 「カンフーマック ―猛獣を飼いならす310の技」読了 Nov 05 2012 学会・勉強会のUstream配信＆録画環境 on MacOSX Nov 04 2012 「データ解析のための統計モデリング入門」読書ノート 7章 GLMMとGLMを比較する Nov 02 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：5章 モンテカルロ最適化 確率的探索 Nov 01 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：5章 モンテカルロ最適化 数値的最適化法 Oct 30 2012 「TED Talks ボディランゲージが人を作る」の主張における継続のニュアンス Oct 29 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：3章 重点サンプリング Oct 28 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：3章 モンテカルロ積分 その2 Oct 27 2012 「ワンクリック―ジェフ・ベゾス率いるAmazonの隆盛」読了 Oct 26 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：3章 モンテカルロ積分 Oct 25 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：2章 練習問題 Oct 23 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：2章 受理・棄却法 Oct 22 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：2章 逆変換・一般変換法 Oct 21 2012 「Rによるモンテカルロ法入門」読書ノート：アーカイブ Oct 20 2012 TeXの数式をGoogle Chart APIのURL形式に変換するJekyll/Octopressプラグインを作りました Oct 19 2012 「デザインする技術 -よりよいデザインのための基礎知識」読了 Oct 18 2012 「データ解析のための統計モデリング入門」読書ノート Oct 14 2012 SOAPdenovo2のインストール方法 Oct 13 2012 「今度こそわかる!? PRMLの学習の学習」に参加しました Oct 12 2012 SOAPdenovo2のアセンブル情報を集計するスクリプト Oct 11 2012 ウェブページにリストアップされているpdfファイルをwgetでまとめてダウンロードする方法 Oct 10 2012 「読書の技法 誰でも本物の知識が身につく熟読術・速読術「超」入門」読了 Oct 09 2012 「NHKスペシャル 最強ウイルス―新型インフルエンザの恐怖」読了 Oct 02 2012 「読書力」読了 Oct 01 2012 Dropbox+Sphinxで自分専用の電子書籍リストを作ってみた Sep 29 2012 「外国語を身につけるための日本語レッスン」読了 Sep 25 2012 「原典による生命科学入門」読了 Sep 24 2012 「生命とは何か―物理的にみた生細胞」読了 Sep 23 2012 「そのデータ，本当？」―思い込みによる曲解と前提条件を信用することの難しさ Sep 22 2012 「偶然と必然―現代生物学の思想的な問いかけ」読了 Sep 19 2012 「ヤバい経済学」読了 Sep 18 2012 「さっさと不況を終わらせろ」読了 Sep 17 2012 「スーパーコンピューターを20万円で創る」読了 Sep 16 2012 「H5N1―強毒性新型インフルエンザウイルス日本上陸のシナリオ」読了 Sep 15 2012 「『言語技術』が日本のサッカーを変える」読了 Sep 14 2012 「小さなチーム、大きな仕事〔完全版〕」読了 Sep 13 2012 「小さく賭けろ！―世界を変えた人と組織の成功の秘密」読了 Sep 12 2012 「世界でもっとも強力な9のアルゴリズム」読了 Sep 09 2012 「したたかな生命」読了 Sep 06 2012 「外国語で発想するための日本語レッスン」読了 Sep 05 2012 「なかのとおるの生命科学者の伝記を読む」読了 Aug 31 2012 「遺伝子医療革命」読了 Aug 29 2012 「プログラミングのための確率統計」読了 Aug 25 2012 「バースト! 人間行動を支配するパターン」読了 Aug 07 2012 「進化が語る 現在・過去・未来 (別冊日経サイエンス185)」読了 Aug 06 2012 「進化学辞典 第28章」が読物として面白い Aug 04 2012 「考える脳 考えるコンピューター」読了 Aug 03 2012 「世界を変えた6つの飲み物」読了 Jul 30 2012 「遺伝統計学の基礎」の個人的感想 Jul 28 2012 「要するに」「新教養主義宣言」「訳者解説」読了 Jul 27 2012 PRML復々習レーン#3で発表しました Jul 18 2012 「生物学のすすめ」読了 Jul 10 2012 「パターン認識と機械学習の学習」購入 Jul 07 2012 「数学で犯罪を解決する」読了 Jul 03 2012 「メイドロボットはどこから生物となるか」読了 Jun 30 2012 「分類思考の世界」読了 Jun 26 2012 「プロのための Linuxシステム・10年効く技術」など，Linuxやプログラミング周りの読書をいくつか Jun 23 2012 「せめぎ合う遺伝子」読書ノート 3章その1 Jun 21 2012 「超訳 種の起源」読了 Jun 18 2012 pigzを使ったgzip並列圧縮 Jun 15 2012 「フィンチの嘴―ガラパゴスで起きている種の変貌」読了 Jun 14 2012 「せめぎ合う遺伝子」読書ノート 2章その3 Jun 13 2012 「せめぎ合う遺伝子」読書ノート 2章その2 Jun 10 2012 「エピジェネティクス 操られる遺伝子」読了 Jun 09 2012 fastaからfastbに変換する Jun 08 2012 VelvetKを使ってVelvetを用いたアセンブルに最適なk-merサイズを推定する Jun 06 2012 「せめぎ合う遺伝子」読書ノート 2章その1 Jun 05 2012 ALLPATHS-LGを最小構成で実行する Jun 04 2012 「せめぎ合う遺伝子」読書ノート 1章 Jun 03 2012 ALLPATHS-LGで使用できるライブラリサイズの制限 Jun 02 2012 github pages + Octopressでブログを作ってみた May 23 2012
スライドメモ：”Differential expression analysis of de novo assembled transcriptomes - Nadia Davidson” Jun 18 2013