「コード・ブルー―外科研修医救急コール」読了

本書「コード・ブルー」は，アメリカ人医師が8年間にわたる研究医時代に経験した様々な出来事に関するエッセイ集だ．著者のアトゥール・ガワンデは，このBlogの書評で以前取り上げた「アナタはなぜチェックリストを使わないのか？」という本の著者でもある．

医療現場という特殊な環境は，原書タイトル「Complications」が表すように複雑で困難が伴い，そして不確実な事象にあふれている．そのような入り組んだ世界を研修医だった著者自身の視点から紐解き，それぞれの問題の裏に隠れた本質を探求するとともに，医者という特殊な職業の一端を垣間見ることができるエッセイとなっている．

全14章からなる独立したエッセイは，以下のようなくくりで分けられている．

  • 第1部「不完全」では，医者が起こす誤診やミスに関する，専門家と非専門家，熟練医と研修医といった医者の質について
  • 第2部「不可解」では，現代医学が重要視してこなかった痛みや吐き気，赤面するといった生理現象や，肥満などの病気とは判断つかないものについて
  • 第3部「不確定」では，医者が直面する不確実性や確率の問題，その他の限られた情報と時間制限に対し，医者がどう主体的に解釈して判断をするのかについて

これらのエッセイは，豊富な具体例と医学研究を基にした知見を織り交ぜて，リアリティかつ繊細な語り口で描かれる．少なくとも，本書で取り上げられる内容には，はっきりとした正解がない．昔から続く慣習から抜け出せない問題であったり，時間的金銭的制約からそうせざるを得ない問題であったり，または人間の感情が複雑に入り込んだ問題であったりと，どれも「医者だってわからない」ものばかりだ．それは現代医学の限界であり，人間としての限界でもある．著者はエッセイの中で，そのような人間性を率直に表現する．本書の中で描かれる医者は誰もが一人の人間であって，それは患者やその家族と何ら変わらないのである．そこには，科学が持つ明快な論理や法則とは別の，医学という名の下での治療行為と，それに従事する医者が存在する．医者でなければ味わうことはないだろうその一端を，本書は私たちに提示してくれる．



思わずReblogしたくなるような博物画が見られるiPhone/iPadアプリ「MAU M&L 博物図譜」

MAU M&L 博物図譜
MAU M&L 博物図譜
Musashino Art University
価格： 0円
iTunesで見る
posted with sticky on 2013.4.29

久しぶりに面白いiPad Appで遊んだので，ここで少し紹介したいと思う．前々からiPadには入れてたものの，じっくり見る機会が無くて今の今まで放置していたのが非常に悔やまれるくらい，とても良い作品だった．

この「MAU M&L 博物図譜」は，武蔵野美術大学 美術館・図書館が所蔵する博物図譜の貴重な資料を，iPadで自由に鑑賞することのできるアプリケーションだ．収録されている図譜は主に17世紀から19世紀に描かれたものであり，これは西洋で航海技術が発達して任務を受けた探検家やナチュラリストなどの博物学者が世界中に進出していった時代に，未開の地に生きる動植物や自然の景観を観察・記録したものである．描かれる対象は花や果物などの植物に始まり，昆虫，鳥，哺乳類，はたまた海に漂うクラゲや無脊椎動物に至るまで，実に多岐にわたる．その形や色，質感までもが細部に至るまで非常に緻密に描かれ，学術的価値とともに芸術的価値をも持つのが，この中に収録されている博物図譜の数々である．

このアプリの優れた点の一つに，武蔵野美術大学の客員教授である荒俣宏氏による博物図譜の見方や楽しみ方が解説された映像を見ることができるということがある．荒俣氏の解説によれば，博物図譜を眺めるということは，美術的にも優れた名画を鑑賞するといったことだけではなく，過去の学者や画家たちがいかに自然を観察し，工夫を凝らして図譜として表現してきたかといった歴史的な背景までも読み取ることができるということである．そこには，博物学の歩んできた道のりに加えて，東洋と西洋の自然観の違いや時代ごとの絵画への要請などが含まれている．荒俣氏はこれを「視覚の冒険」であると表現する．

実際にこのアプリを操作して博物図譜を眺めていると，本当に未知の世界を冒険しているかのような感覚になる．この驚きや喜びは，TVやYouTubeなどで鮮明な映像を見ることのできる現代においても，まったく色褪せていない．それはまさに，過去の探検家や画家の目を通して自然を見ることの興奮なのだ．彼らの「ものの見方」を借りて，動物や植物を観察する．そこには，現在では味わうことのできない様々な発見と知的興奮に満ちあふれている．


最後に，iPhoneやiPadを持っている方は，ぜひ一度インストールして博物図譜の数々を眺めてみてほしい．そして，何でもいいので収録されている図譜を画面に表示させたら，めいっぱいピンチアウトして画面を拡大してほしい．この博物図譜のアーカイブの高解像度に驚くと同時に，信じられないほど高精細で書き込まれた生物画に圧倒されることだろう．鳥の羽毛の1本1本から，イカの斑点模様，クラゲの触手の細かな描写など，例を挙げればキリがない．とにもかくにも一度やってみないと分からない楽しさなので，ぜひ実際に手にとって体験していただきたい．

参考



PDF形式で2777ページにわたってFASTA配列が貼られ続けている論文のsupplementary

Genetic variation and linkage disequilibrium in Bacillus anthracis : Scientific Reports : Nature Publishing Group

内容はまあ表題の通り…．非専門で内容に関してはあんまり突っ込めないながらも，Figure 4とかも思わず首をかしげたくなるような感じではある．

ちなみに，Scientific Reportsがスタートしたのが2011年6月で，この論文が掲載されたのが同年11月．

参考



RVM環境でのOctopressの更新

前々から計画していたOctopressの更新がやっと終わったので，その作業メモ．本当は色々と難航して面倒だったのだけれども，細かいところは割愛して必要最小限の部分だけをまとめてみた．

バックアップを取る

これは必須．以下のコマンドでは，Octopressのディレクトリを丸々デスクトップにコピーしている．

1

$ cp -R octopress ~/Desktop

Octopressをアップデートする

Git経由でOctorpessをアップデートする．_config.ymlなど自分で変更しているファイルがあるとgit pullできないので，あらかじめgit statusで変更されているファイルを調べてgit checkoutで除外しておく．

1
2
3

$ git fetch octopress
$ git checkout -- Rakefile _config.yml
$ git pull octopress master

そして_config.ymlとRakefileを元通りにする．_config.ymlはそれほど更新が無いのでそのままバックアップのコピーを持ってきても大丈夫だが，Rakefileは細かい箇所で更新が入っているので，diffなどを見つつ必要な変更点だけを書き換える．

RVMでRubyを1.9.3に更新する（必要な人だけ）

Octopressを更新するとRuby-1.9.3を使うように言われるので，こちらも更新しておく．RVM自体の更新もついでにやっておく．

1
2
3

$ rvm get stable
$ rvm autolibs enable
$ rvm install ruby-1.9.3

Bundleでパッケージを更新する

最後にBundleでOctopressを動かすために必要なパッケージをひと通りインストールすれば，長かった更新作業も一段落．

1

$ bundle install

もしRubyのバージョンの更新をしていない人はbundle updateすればOK．

あとは，rake generateなどを実行してみて，キチンとOctopressが動作するかを確かめれば終了．

参考



Mac OS Xで手っ取り早くBiopythonをインストールして使えるようにする

新しい環境でBiopythonをセットアップしたので，そのときのメモ．Pythonのバージョン/パッケージ管理はvirtualenvやらvirtualenvwrapperやらpipやらsetuptoolsやらで発狂する可能性が高いので，手っ取り早く使いたい人は以下のおまじないだけ実行して使えるようにしておくと良さそう．sudoする必要もないし知らないディレクトリを汚すこともないので，非常に簡単にインストールできる．以下のリンク先にしたがって，ポチポチと5行程度のコマンドを実行すれば完了．

ディレクトリ作成も含めて，ちょっと改変したものが以下の7行．

1
2
3
4
5
6
7

$ mkdir biopython
$ cd biopython
$ wget --no-check-certificate https://raw.github.com/pypa/virtualenv/master/virtualenv.py
$ python virtualenv.py .
$ source bin/activate
$ pip install numpy
$ pip install Biopython

環境によってはnumpyやBiopythonのインストールがコケるかもしれないので，インストールの最後に「Successfully installed numpy/Biopython」が表示されることを確認したほうが良いだろう．

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

$ pip install numpy
Downloading/unpacking numpy
  Downloading numpy-1.7.1.zip (3.1MB): 3.1MB downloaded
  Running setup.py egg_info for package numpy
    Running from numpy source directory.

~~~(略)~~~

Successfully installed numpy
Cleaning up...
$

最後に，きちんとBiopythonが使えるようになっているか確認する．

1
2
3
4
5
6
7
8

$ python
Python 2.7.2 (default, Oct 11 2012, 20:14:37)
[GCC 4.2.1 Compatible Apple Clang 4.0 (tags/Apple/clang-418.0.60)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> Seq("ATGC").complement()
Seq('TACG', Alphabet())
>>>

なお，一度シェルを閉じるとPythonまわりの読み込みは消えてしまうので，その時は再度インストールしたディレクトリでsource bin/activateを実行する必要がある．

実行環境

  • Mac OS X 10.8.3
  • Python 2.7.2

追記：pipがデフォルトで入っていない場合

もしpipが入っていない場合は，以下のようにvirtualenvで作った環境でpipを入れる必要がある（もしくはsudo easy_installでpipを入れる）．

1
2
3
4
5
6

# source bin/activateした後に
$ wget --no-check-certificate https://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.49.tar.gz
$ tar zxvf distribute-0.6.49.tar.gz
$ cd distribute-0.6.49
$ python setup.py install
$ /path/to/biopython/bin/easy_install pip

追記2：wgetで落としたvirtualenvでCannot find sdist setuptools-*.tar.gzなどがでる場合

wgetで落としてきたvirtualenvでこういうエラーがでる時がある．

1
2

Cannot find sdist setuptools-*.tar.gz
Cannot find sdist pip-*.tar.gz

sudoでvirtualenvを入れて，普通にvirtualenvを使うと上手くいくかもしれない．どういう環境でこうなるのかは不明だが，ちょっとこの辺りは怪しい．

1
2
3
4
5
6

$ sudo easy_install virtualenv
$ virtualenv biopython
$ cd biopyton
$ source bin/activate
$ pip install numpy
$ pip install Biopython

参考